Allende nació el 21 de enero de 1769 en el seno de una familia española acomodada de San Miguel el Grande (hoy San Miguel de Allende).En 1802 se incorporó al ejército virreinal de la Nueva España y logró ascender bajo las órdenes de Félix María Calleja.En el año de 1806 comenzó a simpatizar con la idea de independizar a la Nueva España del reino español. En 1809 fue descubierto en una de las reuniones clandestinas a favor de la independencia celebrada en Valladolid (hoy Morelia) pero corrió con suerte y no fue sancionado.Siguió apoyando al movimiento y fue invitado a participar en la conspiración organizada por José Miguel Domínguez y su esposa Josefa Ortiz de Domínguez en la ciudad de Querétaro, donde conoció al padre Miguel Hidalgo y al capitán Juan Aldama.Tras la célebre toma de la Alhóndiga de Granaditas en Guanajuato y la victoria en Monte de las Cruces, Allende propuso a Hidalgo tomar la capital del virreinato pero el sacerdote no compartió su parecer, sellando el destino fatal de la primera etapa del movimiento e iniciando un resquebrajamiento en la relación de ambos que sería infranqueable hasta el final de sus días.
Tras la derrota en la Batalla de Puente de Calderón, la jerarquía del movimiento exigió la sustitución de Hidalgo como cabecilla del movimiento y Allende tomó la nueva responsabilidad. Con un ejército diezmado decidió marchar hacia el norte para conseguir más dinero, armas y tropas. En Acatita de Baján fue traicionado por Ignacio Elizondo y junto con las cabecillas del ejército fue conducido a la ciudad de Chihuahua donde fue juzgado por insubordinación y fusilado el 26 de junio de 1811. Su cadáver fue decapitado y su cabeza colgada de una de las esquinas de la Alhóndiga de Granaditas en la ciudad de Guanajuato como escarmiento a la población. Sus restos descansan en la Columna de la Independencia en la Ciudad de México.
Se tenía planeado comenzar el movimiento de independencia el 2 de Octubre en San Juan de los Lagos (Jalisco), pero por denuncias hechas ante las autoridades por Mariano Galván, fue necesario adelantarla en septiembre.